为了充分发挥高校在繁荣发展高等教育科学中的重要作用，突出教育科研在促进高校内涵发展和特色办学中的地位，引领教育科研发展方向，提高全校教育科研的整体水平和办学质量，吉林工程技术师范学院于2012年成立了高等教育研究所，与教务处合署办公。2018年3月，高等教育研究所成为一个独立的处级单位，逐渐牵头开展学校层面的高等教育理论研究和改革实践。2022年3月高等教育研究所更名为“高等教育研究院”。

高等教育研究院是我校承担和组织高等教育改革研究的学术机构，也是推进高等教育理论研究和改革实践的重要职能部门。主要承担高等教育科学理论研究、校本教育教学改革发展调研和咨询、职业教育本科教育教学规律与特色探索、为学校实施重大教育教学改革规划提供智力支撑等任务，兼具理论研究，实践指导和咨询服务等功能。